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Da quelli più importanti come l'Archivio di Stato (dove si trovano tra gli altri l'annotazione della nascita di Leonardo scritta dal nonno e la "Legge criminale" del 1786 che sanciva l'abolizione della pena di morte in Toscana per opera di Pietro Leopoldo), la Biblioteca Nazionale (con gli autografi e le lettere di Galileo tra cui la sua Lettera a Madama Cristina di Lorena ritenuta il più piccolo libro del mondo stampato con caratteri mobili composti a mano, poi anche il Diario dell'ex Versilia con litografie del poeta Eugenio Montale), della Marucelliana (che conserva un disegno di Raffaello, ma anche i manoscritti di traduzioni dall'inglese per mano del Foscolo e i primi fumetti di Topolino del 1932), e del Museo Horne, che possiede un codice con la traduzione dal latino in volgare del trattatello di Leon Battista Alberti "Il cane", a quelli minori ma solo per grandezza, non per la qualità del materiale che conservano come l'Archivio Guicciardini, che possiede lettere del Savonarola e di Cosimo I de' Medici, la biblioteca della Società Dantesca, che espone la prima edizione illustrata della Commedia, commentata dal neoplatonico Landino del 1481, e la prima traduzione della Divina Commedia in lingua vietnamita, e quella dell'Istituto Geografico Militare con gli album fotografici dello zoologo Enrico Hillyer Giglioli, tra cui due dedicati al Giappone del 1866 e 1867.
