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Nel corso della storia dell'Università di Padova, il Cinquecento fu forse il secolo più importante, un'epoca nella quale la celebrità dello Studio raggiunse il suo apice. Studenti provenienti da tutta Europa attendevano alle lezioni dei più insigni studiosi e maestri che la cultura dell'epoca potesse offrire.
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Tale grande stagione fu in gran parte dovuta all'interesse che la Signoria di Venezia riversò nei confronti dell'antica istituzione, trasformandola di fatto nell'Università dello Stato. Soprattutto, Venezia cambiò la connotazione materiale dell'Ateneo: venne costruita una sede monumentale e fondato quello che a tutti gli effetti può considerarsi uno dei primi luoghi di sperimentazione scientifica: l'Orto botanico.
