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Bonaventura è uno dei pionieri della psicoanalisi in Italia, cui dedicò un'importante opera pubblicata nel 1938. Bonaventura mise a frutto le sue competenze scientifiche per lo studio in laboratorio di fenomeni legati all'esperienza interiore. Il suo interesse per l'opera di Freud è il risultato di grande tensione morale derivante dalla sua militanza ebraica.
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Espulso dall'Università in seguito alle leggi razziali del '38, si trasferì a Gerusalemme, dove continuò la sua attività alla guida del Dipartimento di psicologia. Morì tragicamente nel corso della guerra scatenata dagli eserciti arabi per impedire la nascita di Israele.